مگنتو دارای رابط کاربری قدرتمندی برای اداره کردن طیف گسترده ای از ویژگی ها است که مدیریت آن را از نظر گرافیک و کارکرد، آسان و انعطاف پذیر می کند. از طریق پنل ادمین (admin) امکان ویرایش، بستن و ایجاد خروجی گرافیکی از وضعیت سفارشات، درآمد، آمار فروش، مدیریت خبرنامه های الکترونیکی، کمپین های تبلیغاتی و بازاریابی، ایجاد گروه های مشتریان برای تنظیم قوانین قیمت گذاری مختلف و دسترسی به محصولات اختصاصی، وجود دارد. هم چنین از طریق سیستم مدیریت محتوا (CMS) این امکان وجود دارد تا وب سایت ها و بخش های ثابت را تنها در چند مرحله ی ساده اضافه کرده، صفحات محتوا ایجاد کنید، حق ویرایش را محدود کرده و یا منو بسازید. مگنتو در واقع راه حلی جامع برای مدیریت تمام جنبه های فروش آنلاین و حتی پیشنهادات بازاریابی می باشد.